Chromeを何度もいじってるうちにブックマークのファビコンが消えていました。
ページにアクセスしても再設定されません。
そんなときは一度Chromeのファビコンのデータを消してしまいましょう。
/Users/You/Library/Application/Favicons
/Users/You/Library/Application Support/Google/Chrome/Default/Favicons
これを消して再起動しましょう。
すると元通り設定させれる・・・はず。<追記>
Zoo3さんのコメントで気が付きましたが、パスが間違っていたようです。
失礼しました。